شبیه سازی دینامیک مولکولی

معرفی و آموزش سیستم عامل لینوکس، اجرای دستورهای پر کاربرد لینوکس

آشنایی با مبانی دینامیک مولکولی ( میدان نیرو، شرایط مرزی متناوب، گام زمانی و شعاع قطعه و ….)

آشنایی و معرفی انواع پکیج ­های شبیه سازی دینامیک مولکولی AMBER، GROMACS،  NAMD  و ..

آماده‏ سازی فایل‏های ورودی‏ (فایل­های ساختاری pdb و gro برای استفاده در GROMACS)

آشنایی با محیط نرم افزار GROMACS و بخش های مختلف آن

انجام شبیه ­سازی دینامیک مولکولی پروتئین لیگاند : ایجاد جعبه شبیه سازی برای ساختار مورد نظر و حلال پوشی آن ، حداقل رسانی انرژی، تعادل رسانی ساختار مورد مطالعه